THE INTEGRATED ENVIRONMENT OF VIRTUAL LABORATORY MolDynGrid FOR CALCULATION OF MOLECULAR DYNAMICS OF BIOPOLYMERS

Authors

  • А. О. Salnikov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка,
  • О. О. Sudakov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститут молекулярної біології і генетики HAH України
  • O. V. Savytskyi Інститут молекулярної біології і генетики HAH України
  • I. A. Sliusar Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка,
  • A. I. Kornelyuk Інститут молекулярної біології і генетики HAH України

DOI:

https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2010.1.65

Abstract

Virtual laboratory MolDynGrid has been established in the frame of the Ukrainian academic grid infrastructure for the calculations of molecular dynamics of biological macromolecules.The integrated environment is introduced in virtual laboratory MolDynGrid for the automation of computational  calculations. А web-portal of virtual laboratory has been created (http://moldyngrid.org), which is composed of  computational, analytical and educational blocks аnd data base of molecular dynamics simulations.

References

Foster І. The Grid: a new infrastructure for the 21 st century science", Wiley Series in Communications Networking & Distributed Systems, John Wiley & Sons Ltd. - 2004. - Chapter2, Р. 51-63.

Загородній А. Г. Грід - нова інформаційно-обчислювальна технологія для науки / А.Г. Загородній, Г. М. Зіновьев, Є. С. Мартинов, С. Я. Свистунов, В. Н. Шадура // Вісник НАН України - 2005. - № 6. - С. 17-25.

Корнелюк О. І. Сучасні комп'ютерні грід-технології та їх застосування в медичних дослідженнях / О. І. Корнелюк, О. П. Мінцер // Медична інформатика та інженерія - 2008. - Т. 1, № 1. - C. 23-29.

Konagaya A. Trends in life science grid: from computing grid to knowledge grid / А. Konagaya // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 18; № 7, Р. 5-10.

Oliveira IC, Oliveira JL, Sanchez JP, Lj'pez-Alonso V Martin-Sanchez F, Maojo V, Sousa Pereira, A Grid requirements for the integration of biomedical information resources for health applications// Methods Inf. Med. - 2005. - Vol.44, № 2. - P. 161-167.

Breton V, da Costa AL, de Vlieger P, Kim YM, Maigne L, Reuillon R, Sarramia D, Truong NH, Nguyen HQ, Kim D, Wu YT., Innovative in silico approaches to address avian flu using grid technology// Infect Disord. Drug Targets. - 2009. - Vol.9, № 3. - P. 358-365.

Kim B.G., Nhan N.D., Lee S., Hwang S., Breton B., DrugScreener-G: Towards an Integrated Environment for Grid-Enabled Large-Scale Virtual Screening and Drug Discovery// Fourth IEEE International Conference on eScience. - 2008. -P. 666-671.

Сальников А. О. Інтегроване середовище автоматизації роботи з великими об'ємами даних в Грід / А. О. Сальников, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк // Медична інформатика та інженерія. - 2009. - Т. 2, № 3. - С. 22-31.

Шайтан К. В., Сарайкин С. С. Метод молекулярной динамики. - 1999. - (www. moldyn. ru/library/md).

Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B., Groenhof G., Mark A.E., Berendsen H.J. GROMACS: fast, flexible, and free. Jour. Comput. Chem. -2005. - Vol.26, P. 1701-1718.

Одинець К. О. Структурна біоінформатика в постгеномну еру / Одинець К. О., Івахно С. С., Ковальський Д. Б., Токовенко Б. Т., Корнелюк О. І. // Біополімери і клітина. - 2004. -Т. 20, № 1-2. - С. 78-91.

Kovalskyy D., Dubyna V., Mark A. E., Kornelyuk A. A molecular dynamics study of the structural stability of HIV-1 protease under physiological conditions: The role of Na+ ions in stabilizing the active site. Proteins.- 2005. - V 58. - P. 450458.

Ковальский Д. Б. Параметр упорядочения ориентации N-H связей как мера информационной подвижности белка : разработка алгоритма расчета из данных симуляции молекулярной динамики и сравнение с данными ЯМР, показанное на примере ВИЧ-1 протеазы / Ковальский Д. Б., Иванова О. С., Дубина В. Н., Каниболоцкий Д. С., Корнелюк А.И. // Укр. биохим. журн.-2004. - Т. 76, № 2. - С. 128-132.

Dubyna V.M., D.B. Kovalskyy, O.S. Ivanova and A.I. Kornelyuk The improvement of the algorithm for order parameter calculation (S2) from molecular dynamics simulation using the correlation motion function, Biophysical Chemistry. - 2006. - Vol. 123, N1, P. 25-28.

Tai K, Murdock S, Wu B, Ng MH, Johnston S, Fangohr H, Cox SJ, Jeffreys P, Essex JW, Sansom MS. BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations// Org. Biomol. Chem. -2004. - Vol. 2, N22. - P. 3219-3221.

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko Yu.V., Kornelyuk O.I. Implementing the File Storage System in the Ukrainian Academic Grid Infrastructure // Abstracts of 21th International CODATA Conference "Scientific Information for Society-from Today to the Future". - 2008. - P. 31.

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Savytskyi OV, Kornelyuk O.I.

MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure// Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. - 2009. -P. 237-240.

Downloads

Published

2012-11-12

How to Cite

Salnikov А. О., Sudakov О. О., Savytskyi, O. V., Sliusar, I. A., & Kornelyuk, A. I. (2012). THE INTEGRATED ENVIRONMENT OF VIRTUAL LABORATORY MolDynGrid FOR CALCULATION OF MOLECULAR DYNAMICS OF BIOPOLYMERS. Medical Informatics and Engineering, (1). https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2010.1.65

Issue

No. 1 (2010)

Section

Articles

License

Journal Medical Informatics and Engineering  allows the author(s) to hold the copyright without registration

 

The majority of Medical Informatics and Engineering Open Access journals publish open access articles under the terms of the Creative Commons Attribution (CC BY) License which permits use, distribution and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. The remaining journals offer a choice of licenses.

 Результат пошуку зображень за запитом "CC-BY logo"

This journal is available through Creative Commons (CC) License  CC-BY 4.0