ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ’ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД

А. О. Salnikov; О. О. Sudakov; О. І. Kornelyuk

doi:10.11603/mie.1996-1960.2009.3.83

Автор(и)

А. О. Salnikov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка
О. О. Sudakov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
О. І. Kornelyuk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

DOI:

https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2009.3.83

Анотація

Проаналізовано існуючі проблеми взаємодії програмного забезпечення та дослідників з Грід-середовищем. Запропоновано методики створення інтегрованого середовища автоматизації роботи з великими об'ємами даних в Грід. Методики реалізовано для автоматизації задач розрахунку молекулярної динаміки біологічних макромолекул. Інтегроване середовище впроваджено в віртуальній лабораторії MolDynGrid для автоматизації розрахунків для вирішення задач комп'ютерної структурної біології.

Посилання

Foster I., Kesselman C. The Grid: Blueprint for a New Computing Infrastructure. Second Edition. Elsevier, 2003 .

Foster I. The Anatomy of the Grid: Enabling Scalable Virtual Organizations/ Foster I., Kesselman C., Tuecke S. // International Journal of High Performance Computing Applications. - 2001. 15, №> 3. - P. 200-222.

Загородній А. Г. Грід - нова інформаційно-обчислювальна технологія для науки / Загородній А. Г., Зіновьев Г. М., Мартинов Є. С., Свистунов С. Я., Шадура В. Н. // Вісник НАН України. - 2005. - № 6. - C. 17-25.

Корнелюк О.І. Сучасні комп'ютерні Грід-технології та їх застосування в медичних дослідженнях / Корнелюк О.І., Мінцер О.П. // Медична інформатика та інженерія. - 2008.- Т. 1, № 1. - C. 23-29.

Oliveira I.C. A Grid requirements for the integration of biomedical information resources for health applications / Oliveira I.C.,Oliveira J.L.,Sanchez J.P.jLj'pez-Alonso VMartin-Sanchez F.,Maojo V,Sousa Pereira A//Methods Inf. Med.-2005. - Vol. 44, J№ 2. - P. 161-167.

Breton V Innovative in silico approaches to address avian flu using grid technology / Breton V, da Costa A.L., de Vlieger P., Kim Y.M., Maigne L., Reuillon R., Sarramia D., Truong N.H., Nguyen H.Q., Kim D., Wu Y.T. // Infect. Disord. Drug Targets. - 2009. - Vol. 9, №> 3. - P. 358-365.

Konagaya A. Trends in life science grid: from computing grid to knowledge grid / Konagaya A. // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 18, J№ 7, Suppl 5. - P. 10.

Rom6n I. Improving healthcare middleware standards with semantic methods and technologies / Rom6n I., Calvillo J.,

Roa L.M., Madinabeitia G. // Stud, Health Technol. Inform.-2008. - Vol. 137. - P. 181-189.

Tai K. BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations / Tai K., Murdock S., Wu B., Ng M.H., Johnston S., Fangohr H., Cox S.J., Jeffreys P., Essex J.W., Sansom M.S. // Org. Biomol. Chem. - 2004. - Vol. 2, №> 22. - P. 3219-3221.

Salnikov A.O. Implementing the File Storage System in the Ukrainian Academic Grid Infrastructure / Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko YuV, Kornelyuk O.I. // Abstracts of 21th International CODATA Conference "Scientific Information for Society-from Today to the Future". - 2008. - P. 31.

Salnikov A.O. MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure / Salnikov A.O. , Sliusar I.A., Sudakov O.O., Savytskyi O.V., Kornelyuk O.I. // Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. - 2009. - P. 59-63.

Kim B.G. Drug Screener-G: Towards an Integrated Environment for Grid-Enabled Large-Scale Virtual Screening and Drug Discovery / Kim B.G., Nhan N.D., Lee S., Hwang S., Breton B. // Fourth IEEE International Conference on eScience. - 2008. - P. 666-671.

Jin H. Components and workflow based Grid programming environment for integrated image-processing applications / Jin H., Zheng R., Zhang Q., Li Y. // Concurrency and Computation: Practice and Experience. - 2006. - Vol. 18, N° 14. -P 1857-1869.