МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ  ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ

S. S. Ivakhno; O. I. Kornelyuk; O. P. Mintser

doi:10.11603/mie.1996-1960.2008.3.7508

МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ

Автор(и)

S. S. Ivakhno Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
O. I. Kornelyuk Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
O. P. Mintser Національна медична академія післядипломної освіти імені П.Л.Шупика МОЗ України http://orcid.org/0000-0002-7224-4886

DOI:

https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2008.3.7508

Анотація

Мікроаррей-технології або ДНК-чіпи дозволяють проводити кількісний аналіз експресії десятків тисяч генів. В даній роботі описана нова програма Microarraytool для аналізу ДНК мікроаррей-даних, яка дозволяє проводити трансформацію та нормалізацію даних, виконувати кластерний аналіз та порівнювати різні експерименти за допомогою статистичного аналізу. Імплементовано такі методи кластерного аналізу: ієрархічний кластерний аналіз, метод кластеризації k-середніх, карти ознак, що самоорганізуються (SOM) та SOTA-кластеризація. Проведено тестування алгоритмів для кластерного аналізу для мікроаррей-даних Стенфордської бази даних з експресії первинних фібробластів людини для 8613 індивідуальних генів на різних часових проміжках після стимуляції. Аналіз даних показав коректне виконання алгоритмів, імплементованих в програмі Microarraytool.

##submission.downloads##

ТУТ

Як цитувати

Ivakhno, S. S., Kornelyuk, O. I., & Mintser, O. P. (2012). МЕТОДИ КЛАСТЕРИЗАЦІЇ В ПРОГРАМІ MICROARRAYTOOL ДЛЯ АНАЛІЗУ ДАНИХ ДНК-МІКРОАРРЕЇВ. Медична інформатика та інженерія, (3). https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2008.3.7508

Завантажити посилання

Номер

№ 3 (2008)

Розділ

Статті

Ліцензія

Журнал Медична інформатика та інженерія дозволяє автору (ам) зберігати авторські права без реєстрації.

Журнали Медична інформатика та інженерія відкритого доступу публікує відкриті статті відповідно до умов Creative Commons Attribution (CC BY) Ліцензії, яка дозволяє використання, поширення та відтворення на будь-якому носії, за умови, що оригінальний твір правильно цитується.