КРОС-ПЛАТФОРМНЕ ОБ’ЄДНАННЯ ДАНИХ МІКРОМАСИВ-ЕКСПЕРИМЕНТІВ ТА ЙОГО ВПЛИВ НА ЗНАЧЕННЯ ГЕННОЇ ЕКСПРЕСІЇ ПРИ АНАЛІЗІ ЗРАЗКІВ РАКОВИХ ПУХЛИН МОЛОЧНОЇ ЗАЛОЗИ ЛЮДИНИ

A. O. Frolova; V. S. Bondarenko; M. Yu. Obolenska

doi:10.11603/mie.1996-1960.2016.2.6476

Автор(и)

A. O. Frolova Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
V. S. Bondarenko Київський національний університет імені Тараса Шевченка
M. Yu. Obolenska Інститут молекулярної біології і генетики НАН України

DOI:

https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2016.2.6476

Анотація

У різних галузях біології та медицини накопичилася значна кількість даних широкомасштабних досліджень генної експресії за використання мікромасив-технологій. Тому виникає нагальна потреба в порівнянні, об'єднанні й аналізі цих даних з метою підвищення інформативності та статистичної достовірності результатів аналізу. Однак, процес об'єднання результатів мікромасив-експериментів на базі крос-платформного аналізу ускладнений існуванням багатьох мікроарей-платформ, різних за технологією виготовлення, методикою нанесення проб на чип і різновидністю дизайну проб. Ці особливості кожного з досліджень повинні бути враховані при обробленні та аналізі результатів мікромасив-експериментів, отриманих як на однакових, так і на різних платформах.

Посилання

Barrett T. et al. NCBI GEO: archive for functional genomics data sets: update // Nucleic acids research 41.D1 (2013): D991-D995.

Rustici G. et al. ArrayExpress update - trends in database growth and links to data analysis tools // Nucleic acids research 41.D1 (2013): D987-D990.

Stoughton R. B. Applications of DNA microarrays in biology // Annu Rev Biochem; (2005): 74: 53-82.

Affymetrix. - Режим доступу: http://www.affymetrix.com/estore/.

Illumina. - Режим доступу: http://www.illumina.com/technology/ beadarray-technology.html.

Barbosa-Morais N. L. A re-annotation pipeline for Illumina BeadArrays: Improving the interpretation of gene expression data / Barbosa-Morais, N. L., Dunning, M. J., Samarajiwa, S. et al. // Nucleic Acids Res. 38, (2009).

BioCon. - Режим доступу: http://www.bioconductor.org/packages/release/ data/annotation/.

Schnitt S. J. Classification and prognosis of invasive breast cancer: from morphology to molecular taxonomy // Modern Pathology 23. - (2010): S60-S64.

Dai M. Evolving gene/transcript definitions significantly alter the interpretation of GeneChip data / Dai M., Wang P., Boyd A. D. et al. // Nucleic Acids Res. 33, 1-9 (2005).

Carter S. L. Redefinition of Affymetrix probe sets by sequence overlap with cDNA microarray probes reduces cross-platform inconsistencies in cancer-associated gene expression measurements / Carter S. L., Eklund A. C., Mecham B. H., Kohane I. S., Szallasi Z. // BMC Bioinformatics. - 6, 107 (2005).

Li Q. Jetset: selecting the optimal microarray probe set to represent a gene / Li Q., Birkbak N. J., Gyorffy B. et al. // BMC Bioinformatics. - 12, 474 (2011).

Durinck S. Mapping identifiers for the integration of genomic datasets with the R/Bioconductor package biomaRt / Durinck S., Spellman P. T., Birney E., Huber W. // Nat Protoc. - 2009, 4(8):1184-1191.

BrainAr. - Режим доступу: http://brainarray.mbni.med.umich.edu/ Brainarray/Database/ CustomCDF/genomic_ curated_CDF.asp.

Boratyn G. M. BLAST: a more efficient report with usability improvements / Boratyn G. M., Camacho C., Cooper P. S. et al. // Nucleic Acids Res. (2013): 41, 29-33.

Irizarry R. Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data / Irizarry R. A, Bolstad B. M., Collin F., Cope L. M. et al. // Nucleic Acids. (2003): Res. 31, e15.

Kauffmann A. ArrayQualityMetrics-a bioconductor package for quality assessment of microarray data / Kauffmann A., Gentleman R., Huber W. // Bioinformatics. (2009): 25(3), pp. 415-6.

Johnson W. E. Adjusting batch effects in microarray expression data using empirical Bayes methods / J. W. Evan, C. Li, A. Rabinovic // Biostatistics 8.1 (2007): 118-127.

Boulesteix A.-L. Stability and aggregation of ranked gene lists / Boulesteix A.-L., Slawski M. // Briefings in bioinformatics 10.5 (2009): 556-568.

Mokry M. et al. Integrated genome-wide analysis of transcription factor occupancy, RNA polymerase II binding and steady-state RNA levels identify differentially regulated functional gene classes // Nucleic acids research 40.1 (2012): 148-158.

Hochreiter S. A new summarization method for Affymetrix probe level data / Hochreiter S., Clevert D., Obermayer K. // Bioinformatics 22.8 (2006): 943-949.

Chen T.-Sh. et al. A combined K-means and hierarchical clustering method for improving the clustering efficiency of microarray // Intelligent Signal Processing and Communication Systems, 2005. - ISPACS 2005. Proceedings of 2005 International Symposium on. IEEE, 2005.

Hubert L. Comparing partitions / L. Hubert, P. Arabie // Journal of Classification. - 2, 193-218, 1985.

Quackenbush J. Computational analysis of microarray data // Nature reviews genetics 2.6 (2001): 418-427.