ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ

А. О. Salnikov; О. О. Sudakov; O. V. Savytskyi; I. A. Sliusar; A. I. Kornelyuk

doi:10.11603/mie.1996-1960.2010.1.65

Автор(и)

А. О. Salnikov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка,
О. О. Sudakov Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститут молекулярної біології і генетики HAH України
O. V. Savytskyi Інститут молекулярної біології і генетики HAH України
I. A. Sliusar Інформаційно-обчислювальний центр Київського національного університету імені Тараса Шевченка,
A. I. Kornelyuk Інститут молекулярної біології і генетики HAH України

DOI:

https://doi.org/10.11603/mie.1996-1960.2010.1.65

Анотація

Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена в рамках української академічної грід-інфраструктури для проведення розрахунків молекулярної динаміки біологічних макромолекул. В віртуальній лабораторії MolDynGrid впроваджене інтегроване середовище для автоматизації комп’ютерних розрахунків. Створено веб-портал віртуальної лабораторії, що складається з розрахункового, аналітичного і навчального блоків та бази даних траєкторій молекулярної динаміки.

Посилання

Foster І. The Grid: a new infrastructure for the 21 st century science", Wiley Series in Communications Networking & Distributed Systems, John Wiley & Sons Ltd. - 2004. - Chapter2, Р. 51-63. DOI: https://doi.org/10.1002/0470867167.ch2

Загородній А. Г. Грід - нова інформаційно-обчислювальна технологія для науки / А.Г. Загородній, Г. М. Зіновьев, Є. С. Мартинов, С. Я. Свистунов, В. Н. Шадура // Вісник НАН України - 2005. - № 6. - С. 17-25.

Корнелюк О. І. Сучасні комп'ютерні грід-технології та їх застосування в медичних дослідженнях / О. І. Корнелюк, О. П. Мінцер // Медична інформатика та інженерія - 2008. - Т. 1, № 1. - C. 23-29.

Konagaya A. Trends in life science grid: from computing grid to knowledge grid / А. Konagaya // BMC Bioinformatics. - 2006. - Vol. 18; № 7, Р. 5-10. DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S5-S10

Oliveira IC, Oliveira JL, Sanchez JP, Lj'pez-Alonso V Martin-Sanchez F, Maojo V, Sousa Pereira, A Grid requirements for the integration of biomedical information resources for health applications// Methods Inf. Med. - 2005. - Vol.44, № 2. - P. 161-167. DOI: https://doi.org/10.1055/s-0038-1633938

Breton V, da Costa AL, de Vlieger P, Kim YM, Maigne L, Reuillon R, Sarramia D, Truong NH, Nguyen HQ, Kim D, Wu YT., Innovative in silico approaches to address avian flu using grid technology// Infect Disord. Drug Targets. - 2009. - Vol.9, № 3. - P. 358-365. DOI: https://doi.org/10.2174/1871526510909030358

Kim B.G., Nhan N.D., Lee S., Hwang S., Breton B., DrugScreener-G: Towards an Integrated Environment for Grid-Enabled Large-Scale Virtual Screening and Drug Discovery// Fourth IEEE International Conference on eScience. - 2008. -P. 666-671. DOI: https://doi.org/10.1109/eScience.2008.26

Сальников А. О. Інтегроване середовище автоматизації роботи з великими об'ємами даних в Грід / А. О. Сальников, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк // Медична інформатика та інженерія. - 2009. - Т. 2, № 3. - С. 22-31.

Шайтан К. В., Сарайкин С. С. Метод молекулярной динамики. - 1999. - (www. moldyn. ru/library/md).

Van Der Spoel D., Lindahl E., Hess B., Groenhof G., Mark A.E., Berendsen H.J. GROMACS: fast, flexible, and free. Jour. Comput. Chem. -2005. - Vol.26, P. 1701-1718. DOI: https://doi.org/10.1002/jcc.20291

Одинець К. О. Структурна біоінформатика в постгеномну еру / Одинець К. О., Івахно С. С., Ковальський Д. Б., Токовенко Б. Т., Корнелюк О. І. // Біополімери і клітина. - 2004. -Т. 20, № 1-2. - С. 78-91. DOI: https://doi.org/10.7124/bc.000695

Kovalskyy D., Dubyna V., Mark A. E., Kornelyuk A. A molecular dynamics study of the structural stability of HIV-1 protease under physiological conditions: The role of Na+ ions in stabilizing the active site. Proteins.- 2005. - V 58. - P. 450458. DOI: https://doi.org/10.1002/prot.20304

Ковальский Д. Б. Параметр упорядочения ориентации N-H связей как мера информационной подвижности белка : разработка алгоритма расчета из данных симуляции молекулярной динамики и сравнение с данными ЯМР, показанное на примере ВИЧ-1 протеазы / Ковальский Д. Б., Иванова О. С., Дубина В. Н., Каниболоцкий Д. С., Корнелюк А.И. // Укр. биохим. журн.-2004. - Т. 76, № 2. - С. 128-132.

Dubyna V.M., D.B. Kovalskyy, O.S. Ivanova and A.I. Kornelyuk The improvement of the algorithm for order parameter calculation (S2) from molecular dynamics simulation using the correlation motion function, Biophysical Chemistry. - 2006. - Vol. 123, N1, P. 25-28. DOI: https://doi.org/10.1016/j.bpc.2006.03.001

Tai K, Murdock S, Wu B, Ng MH, Johnston S, Fangohr H, Cox SJ, Jeffreys P, Essex JW, Sansom MS. BioSimGrid: towards a worldwide repository for biomolecular simulations// Org. Biomol. Chem. -2004. - Vol. 2, N22. - P. 3219-3221. DOI: https://doi.org/10.1039/b411352g

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko Yu.V., Kornelyuk O.I. Implementing the File Storage System in the Ukrainian Academic Grid Infrastructure // Abstracts of 21th International CODATA Conference "Scientific Information for Society-from Today to the Future". - 2008. - P. 31.

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Savytskyi OV, Kornelyuk O.I.

MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure// Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. - 2009. -P. 237-240. DOI: https://doi.org/10.1109/IDAACS.2009.5342989