Комп’ютерний скринінг пептидоміметиків та маломолекулярних лігандів мембранних білків в-клітин для терапії лімфоми Беркітта - Демʼяненко, Ірина; Бахмач, Анастасія (Вісник медичних і біологічних досліджень, 2023)
Можливості молекулярного моделювання та докінгу дозволяють знайти нові потенційні лікарські агенти, які дозволяють покращити лікування хвороб, що є актуальним питанням сьогодення. Метою даного дослідження був пошук in silico міметиків антитіл до мембранних білків В-клітин для лікування лімфоми Беркітта методом віртуального скринінгу. В даній роботі було використано стандартний протокол структурно-залежного віртуального скринінгу з тією відмінністю, що фармакофори для скринінгу будували не на основі маломолекулярних лігандів, а на основі обраних амінокислотних залишків антитіл. За літературними даними та на основі наявності механізму прямої цитотоксичної дії та наявності 3D структур комплексу було обрано три моноклональні антитіла: обінутузумаб, епратузумабута та атезолізумабу. Ідентифікація біологічної мішені проводилися шляхом пошуку 3D-структур обраних комплексів з білками-мішенями в базі даних Protein Data Bank. Для проведення віртуального скринінгу обрано веб-сервіс Pharmit. За допомогою програми Molecular Operating Environment було побудовано моделі фармакофорів для трьох комплексів: CD20 і обінутузумабу, CD22 і епратузумабу та PD-L1 і атезолізумабу. Докінг з білком CD20, CD22 і PD-L1 проведено за сайтами зв’язування, який впізнає оригінальне антитіло. Методом віртуального скринінгу in silico за допомогою програмного продукту Molecular Operating Environment здійснено пошук міметиків антитіл до мембранних білків В-клітин для лікування лімфоми Беркітта, в результаті чого відібрано 5 потенційних антилімфомних агента: CHEMBL505179 до рецептора CD20, до рецептора CD20 – антагоніст рецептору меланокортину (PubChem-44406884), до рецептора CD22 – інгібітор фактору згортання крові Ха (PubChem-136510605) та блокатор епітеліальних Na+ каналів (PubChem-126761430), до рецептора PD-L1 – агоніст рецептору меланокортину (PubChem-25078192). Отримані результати можуть бути застосовані у фармакологічній промисловості та онкологічній практиці з метою покращення терапевтичних результатів лікування хворих з лімфомою Беркітта Отримано: 31.07.2023 | Переглянуто: 11.10.2023 | Прийнято: 28.11.2023